1638 brechen Pater Sebastiao Rodrigues (Andrew Garfield) und Pater Francisco Garupe (Adam Driver) von Portugal ins für die westliche Welt völlig abgeschottete Japan auf um der Wahrheit hinter den undenkbaren Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Cristovao Ferreira (Liam Neeson) seinem Glauben abgeschworen habe. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber.