Bereits im Finale der zweiten Staffel erfährt Captain Jonathan Archer von der intelligenten Spezies der Xindi, die die Menschen mit Massenvernichtungswaffen angreifen wollen. Archer und seine Crew begeben sich in der dritten Staffel auf die Suche nach dem Heimatplaneten der
Xindi, um mit ihnen in Verhandlungen zu treten. Auf ihrer Reise treffen sie auf führungslose, im All treibende Schiffe mit 17 Leichen an Bord, und werden von fremden Vulkaniern in eine Falle gelockt und angegriffen. Als es der Crew gelingt, ein Xindi-Schiff abzufangen, erhofft sie sich, von
dem Gefangenen Degra weitere Informationen zur Xindi-Biowaffe zu erhalten. Gemeinsam kämpfen Archer und Degra vor dem Rat der Xindi darum, den Einsatz der Waffe gegen die Erde zu verhindern. Es stellt sich heraus, dass die Waffe nur von innen zerstört werden kann. Im Finale der
dritten Staffel gelingt es Archer, Hoshi und Reed sich in die Waffe hinein zu beamen. Archer legt eine Ladung Sprengstoff und befiehlt seiner Crew das Schiff sofort zu verlassen...